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Génomique de l’environnement et bioinformatique (MEB)

publié le , mis à jour le

Animatrice : Cécile Lepère

L’objectif de notre équipe « Génomique de l’environnement et bioinformatique » est de comprendre la structuration des assemblages, leurs changements dans le temps et dans l’espace et leurs interactions fonctionnelles. L’équipe étudie les mécanismes de spéciation qui conduisent à l’émergence d’écotypes, les transferts horizontaux de gènes et les réassemblages des communautés microbiennes en prenant en compte les espèces rares. Notre écosystème modèle pour étudier ces communautés est l’écosystème lacustre, pour lequel la diversité et la physiologie des microorganismes sont relativement peu étudiées. Parmi ces microorganismes, nous nous intéressons plus particulièrement au picoplancton (0,2 – 5 µm) qui, en l’absence de caractéristiques morphologiques distinctes et en raison des difficultés inhérentes à la mise en culture, est étudié préférentiellement par des méthodes d’écologie moléculaire : séquençage massif d’amplicons, métagénomique et métatranscriptomique microbienne, virome, génomique ciblée.... En appui de ces méthodes d’écologie moléculaire, nous développons des outils de bioinformatique pour traiter les données issues des séquenceurs à haut-débit (NGS).