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Génomique de l’environnement et bioinformatique (MEB)

publié le , mis à jour le

Animatrice : Cécile Lepère

Les activités de recherche de l’équipe « Génomique de l’environnement et bioinformatique » s’inscrivent dans le champ de l’écologie des communautés microbiennes : dynamique et structuration des assemblages, interactions fonctionnelles, changements à l’échelle spatiale et historique, propriétés émergentes au sein des écosystèmes.
Dans le contexte de ces investigations les outils de génomique environnementale sont privilégiés et des outils de bioinformatiques sont développés pour faciliter l’analyse des données issues du séquençage haut débit.
Le cœur de nos recherches est centré sur les écosystèmes lacustres pour lesquels la diversité et la physiologie des microorganismes sont relativement peu étudiées comparativement aux autres écosystèmes. Nos travaux de métabarcoding et de métagénomique font ainsi partie des rares travaux à s’adresser spécifiquement aux communautés microbiennes des écosystèmes lacustres. Toutefois, dans un souci de généralisation, nous ne nous restreignons pas aux écosystèmes lacustres puisque nous avons développé des études, par exemple, sur les écosystèmes marins (plastisphère) ou sur les eaux usées et circuit hospitalier.

Nos actions s’articulent autour de plusieurs axes :
1- Dynamique des populations rares et rôles dans les écosystèmes : les organismes modèles sont choisis au sein des archées, des bactéries et des eucaryotes unicellulaires
2- Mécanismes de spéciation-évolution à l’échelle des populations microbiennes
3- L’étude du mobilome